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兵变结束后，苗傅和刘正彦升为节度使，两人虽然表面上取得了胜利，但实际上却埋藏着巨大的危机。二人虽然把持着南宋朝政，但由于他们是品级低下的武官，手中既无庞大的军队，亦无掌管朝局的能力，更没有在朝廷内外培植大量亲信，行宫之外的所有地方官吏都不服从他们的政令。当时大将韩世忠和刘光世拥兵在外，他们听说兵变的消息后，立即向杭州发兵。

探马报入杭州，苗傅与刘正彦议曰：“外郡诸侯知吾等骤立新君，各怀疑心，会集军马勤王，何以制之？”刘正彦曰：“事虑不周，祸患难免。诸侯一入禁庭，难明我等废立之由。来日尊公可奏知太后，移檄诸郡，明示奉皇太子之故，斩王渊等以谢天下。诸侯见太后手诏，必知君上有意让位，方雪吾等自专之罪矣。”苗傅喜曰：“此计大妙。

次日，苗傅奏请小皇帝将改元赦书颁知天下，又奏请移檄诸郡明示尊立之意。帝皆准奏。诏曰：

朕以幼冲继承大统，尚书左右丞苗傅忠虑于内廷，德服于诸僚，削平王渊交结之谋，勘定宦官恣党之祸。皇上退养深宫，朕已进登大宝。朕本无能，不足以位天位也。

然而推戴之勤，实出上意。今日恐尔外藩诸臣一时不体朕志，妄加疑贰，致惑军民。兹者布告中外，示谕远近，不宣。

苗傅即遣使臣赍诏书布告中外。这不是此地无银吗？三岁小儿会写什么诏书？张浚曰：“此非上意也。”言罢捶胸恸哭。众僚左都知道诏书出自苗傅之手，而高宗已被幽禁，各竖发瞋目皆愿死斗。张浚曰：“事不宜迟，即须起兵入讨以救天子。”

忽哨卒报韩世忠由海道将赴行在。张浚闻之曰：“世忠来，事济矣。”即遣人将诏书白之。世忠见书壮怀激烈，举酒酹地道：“今日之事，世忠愿与张相任之，誓不与此贼共戴天！”张浚设酒款待世忠。世忠起曰：“皇上幽辱，非臣子贪杯之时，世忠即当行矣。”张浚壮其志，于是令世忠率兵赴阙，临行戒之曰：“投鼠忌器，须不可急，亦不可缓，审势而图之。”世忠承令，乃密地大修战具。

右相朱胜非利用韩世忠大军压境的时机，诱骗苗傅和刘正彦说，只要他们同意宋高宗复辟，保证既往不咎，并颁给他们誓书铁券。苗傅和刘正彦举棋不定。朱胜非对他们说：“韩世忠现在也犹豫不定，如果你能派他的妻子前往迎接，劝韩世忠投奔你，那么你的力量大增，别的人就不用惧怕了。”苗傅听后大喜，立即派梁红玉出城。梁红玉回家抱了儿子，跨上马背疾驰而去，一昼夜赶到秀州。

接着苗刘使者到来，韩世忠烧了诏书砍了使者，下令进攻杭州。韩世忠在杭州北关击败叛军防守部队，苗、刘惊惧，率二千精兵逃跑。

韩世忠救出高宗，高宗告诉他，宫中的中军统制吴湛和苗、刘是一伙的，此人不除，宫中不安。恰在此时吴湛率兵前来迎接韩世忠，伸手与韩世忠相握，韩世忠力大，一下子就捏断了他的五根手指，喝令拿下斩于市曹，又擒获叛军谋主王世修等。

韩世忠因功被任命为武胜军节度使、御营左军都统制。随后他自请提兵追捕苗、刘二人。苗、刘被俘，两人被处以磔刑。历时一月的苗刘之变宣告结束。

苗傅、刘正彦作乱时，魏公张浚在浙江嘉兴，一天晚上独坐之时，忽见一人拿着刀站在烛架之后。张浚知道是刺客，从容不迫地问道：“莫非是苗、刘二人派你来杀我的么？”回答：“是的！”张浚说：“要是这样，把我的脑袋拿去吧！”那人说：“我也读过书，岂肯给贼人效力？况且我公如此忠义，怎忍下手？只怕我公防卫不严，还有陆续派来的人。”张浚问：“你想得到金银绢帛么？”刺客笑了笑说：“杀掉我公，还愁没有钱？”张浚又问：“那么留下来当差行么？”他回答：“我还有老娘在河北，不可留。”问他的姓名，低着头不出声，撩衣一跃上房，瓦片没一点响动。当时月白如昼，他飞一样地消逝了。第二天张浚取出死囚一名斩首，说是夜间捉到的奸细，他这样做是为了保护刺客，让人以为刺客被处死了。张浚后来到河北打听，始终不见此人。

“苗刘兵变”后。张浚重新扶持赵构登基。赵旉退位，隆右太后还政，赵旉从即位到退位共计26日。

苗刘之变虽然以除奸安国为名，但严重触犯了当权者的底线，事后必然遭到严惩。

苗刘之变结束后，宋高宗也认识到自己的错误，于当年六月下罪己诏，承认自己“昧经邦之远图”，“昧戡乱之大略”，“无绥人之德”，“失驭臣之柄”，愿“深自修省，悔过责躬”。从这个方面来看，苗刘之变的意义仍是进步的。

同年五月，宋高宗携赵旉离开杭州，北上建康(南京)。七月，赵旉在建康生了疟疾，在建康行宫治病期间，一个宫女走路不小心绊到了地上的炉子，发出巨响，可怜这个只有三岁的幼儿被活活吓死。

宋高宗和潘贤妃伤心得死去活来，哭了整整3天，最后将宫女和保姆一并处死，追封赵旉为“元懿太子”，葬于宋简宗陵。

赵构不久又返回杭州，并派使臣杜时亮向金营呈送《